「ポケモンカードゲームBW」から加わったり、「ポケモンカードゲームXY」から追加されたりする、新要素や、ルールの変更点について説明します。
先攻プレイヤーは、最初の番はワザを使うことができません。
サポートの「アララギ博士」と「プラターヌ博士」は、枚数にかかわらず、1つのデッキにどちらかしか入れられません。
1つのデッキに両方入れることはできません。「アララギ博士」と「プラターヌ博士」だけの、特別なルールです。
「ポケモンキャッチャー」は、コインを投げてオモテが出ないとポケモンを入れ替えることができなくなりました。BWシリーズまでに登場した「ポケモンキャッチャー」もすべて、新しい効果で使ってください。