拡張パック「湖の秘密」のテーマは、ニンテンドーDSソフト「ポケットモンスター ダイヤモンド・パール」に登場する3つの湖、エイチこ、リッシこ、シンジこ。それぞれの湖に生息する伝説のポケモン、ユクシー、エムリット、アグノムが登場するぞ。
これら3匹のポケモンは、不思議な力で結ばれており、自分の場に3匹が同時に出ることではたらくワザの効果やポケボディーがあるのだ。